Unio ble stiftet 10. desember 2001. Den gang het Unio "Utdanningsgruppenes Hovedorganisasjon (UHO). Norsk Lærerlag, Lærerforbundet, Norsk Sykepleierforbund og Politiets Fellesforbund gikk sammen om å danne UHO. På stiftelseskongressen ble Norsk Fysioterapeutforbund og Norsk Ergoterapeutforbund tatt opp som medlemmer.

Bakgrunnen for å danne en ny hovedorganisasjon var at flere store utdanningsgrupper i offentlig sektor sto uten tilknytning til en hovedorganisasjon. Samtidig var det viktig for forbundene at hovedorganisasjonen skulle være partipolitisk uavhengig.

Det Norske Diakonforbund ble tatt opp som medlem i 2002. I 2003 kom Universitet- og Høyskoleutdannedes Forbund (nå Akademikerforbundet) inn i fellesskapet.

På et ekstraordinært representantskapsmøte i 2005 ble Forskerforbundet og Presteforeningen tilsluttet. I den forbindelse endret organisasjonens navn til Unio.

Representantskapsmøtet i 2006 tok opp Skatterevisorenes Forening som medlem.

Unio har ved tiårsjubileet i 2011 ti medlemsforbund og om lag 300.000 medlemmer.